功能水也具有很大的局限性，即功能性飲水不能代替藥物治療，其功能僅體現(xiàn)在對人體消化、排泄、血液循環(huán)及新陳代謝等部分生理功能的有限強化上，因此，當(dāng)這些生理功能出現(xiàn)微弱失調(diào)時，可適當(dāng)飲用功能水來緩解癥狀，但它只能作為藥物治療的一種輔助手段。作為商家，不能夸大功能飲水機的功效，功能飲水機不能包治百病，不能取代藥物治療。

另外，質(zhì)量不過關(guān)的功能水機容易造成水的二次污染，使出水水質(zhì)（主要是細(xì)菌學(xué)指標(biāo)）反倒不如進水（自來水）水質(zhì)好。